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STAMP軟件是一款可以分析微生物物種與功能組成及差異的可視化軟件，適用于多種類型的組間差異分析，比如物種分布及豐度差異、基因差異、功能差異等等。利用STAMP軟件可對物種功能富集結(jié)果進(jìn)行PCA展示，并分析兩兩組之間的顯著差異功能等。今天為大家整理了該軟件的下載、安裝及使用方法。
下圖為該軟件官網(wǎng)主頁：
https://beikolab.cs.dal.ca/software/STAMP
Step1：下載軟件并安裝
進(jìn)入官網(wǎng)主頁，點(diǎn)擊Downloads-STAMP v2.1.3，進(jìn)入下載界面下載后雙擊安裝。
Step2：打開軟件
準(zhǔn)備2個(gè)輸入文件，點(diǎn)擊File–Load data：樣本的功能富集結(jié)果及樣本分組情況：
(1) KEGG.txt:
(2) Group.txt:
Step3：開始分析
導(dǎo)入文件：
第1個(gè)文件為功能富集結(jié)果，第2個(gè)文件為樣本分組文件；
?。?！注：如果在導(dǎo)入文件的時(shí)候遇到以下Error，請檢查文件名或路徑是否有中文，改為全英文后再進(jìn)行文件導(dǎo)入。
Step4：結(jié)果
（1）PCA plot：PCA分析結(jié)果，點(diǎn)擊不同的plot可切換不同可視化方法。
（2）Bar plot：繪制各樣本的物種功能柱狀圖，快速查看各組數(shù)據(jù)分布的具體情況
（3）Heatmap plot：各樣本的物種功能熱圖
（4）Extended error bar：分組差異圖
設(shè)置過濾條件，則可知輸出顯著差異的功能分類：
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